最近投篇文章文章到JAFC，要求把转录组数据传到公共数据库，大部分人的选择应当都是传到NCBI了。
记录下我传转录组数据到NCBI的经历，备以后待查。
NCBI数据库地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
毫无疑问，先自己注册一个账号，我直接使用ORDIC账号登陆。
登陆后选择首页的“submit”按钮上传数据。来到“Submission Portal”页面。
第一次到这个页面，我也是懵的，不知道改选啥。琢磨研究了了一会儿，搞明白了。对于仅仅进行了质量控制，去除含有接头和低质量的Reads的clean data，还没有进行比对组装的原始数据，需要选择“Sequence Read Archive (SRA)”。不用去搜索了，直接把Submission Portal页面往下翻，找到“Sequence Read Archive (SRA)，点击里面的Submit即可。
来到SRA的提交页面。
点击”new submission“，第一页是填写submitter的个人信息，第二个是填写“gemeral info”.这里的BioProject
BioProject和BioSample都选择No，程序会自动创建，不需要再额外申请。下面的释放时间，可以自由选择，马上释放或者特定时间释放，都可以。
第三页是Project Info，填写项目情况。”Relevance“是问你测序的目标是农业、工业还是其他行业。
第四页是sample_type，样品类型，是植物、动物还是其他生物。
第五页是attributes，这个是难点，花了我好久时间才搞懂。
提供样品的属性，我喜欢用第二个，使用Attributes file，在本地编辑完之后，在上传。我是经过无数次的尝试之后才过了这一关，我把我的分享一下
填这个表一定要认真看他们的这个说明，https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/template/?package-0=Plant.1.0&action=definition
一个星星，那是必填项；两个星星，至少选择一个填写。开始按照说明，只要把绿色的填了就行了，填完了之后发现根本不是那么一回事儿。一直在提示我说有很多行的数据是一致的，可是我的每一行的”sample_name“明明是不同的呀，开始我以为是字符的原因，结果我就用1，2，3，4，5，6这样的name，也是不行，那么很明显，问题不在这里了，往后走，sample_title，三个重复的title肯定是一样的哈。bioproject_accession我全部留空，还没有。organism这里可以在他们数据库查，也可以填自己的。通过多次的尝试，我发现问题在”isolate“，这个是”隔离“意思，他的解释是对获取样本的特定描写，也就是这里一定要明确区分几个样本。
另外，collection_date，geo_loc_name和tissue是必填项，collection_date采集时间，geo_loc_name，采集地点，比如广州。tissue，组织，比如叶片，或者果实等。开始一致通不过，我还填了age，样本时间，dev_stage发育阶段，cultivar，栽培种名，最后总算是过了。
来到第六页，SRA METADATA,这里我还是选择本地编辑SRA_metadata文件，然后上传。我也分析一下。
sample_name和library_ID每个不同就行，library_selection，建库方法，一般是PolyA，layout形式是双端测序paired，platform测序平台，我的是ILLUMINA，instrument_model具体设备型号是Illumina HiSeq X。design_description这个就是构库的方法。filetype文件类型一般是fastq. 如果前面layout选择了paired，那么后面的filename就应当是2个相对应的数据，并且这里的filename需要和上传的文件名完全吻合，不建议使用特殊字符赖命名文件，不然出现各种错误。
第七页是files，文件上传。
这里询问上传文件的方式，第一种就是通过浏览器上传，不推荐。第二种是通过FTP软件或者ASPERA命令上传，ASPERA的浏览器插件和命令行可能效果也不过，我看有人推荐过。我个人喜欢FTP，主要是可以续传，丢在FTP里面就不管了。
怎么传呢。他这个FTP instructions里面有详细介绍，来看看
这里有两个关键点，1，提供了路径和账号，地址是ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov，用户名是subftp，和相应的密码。2，传到哪个位置呢，不是根目录，而是一个临时次级目录，比如我这里是uploads/cn_8rV2DzvP，因人而异。这里要提醒一点的是这个目录在CuteFTP连接后看不到，需要手动输入这个路径，然后上传我们的cleandata就ok啦。全部传完之后，这些数据就会出现在第七页的preload folder这里，可供选择啦。
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