记录一下使用joinmap定位目标性状位置的操作。

对目标性状进行定位使用的软件是Joinmap 4.0，网上面有很多特别版，都是可以使用的。软件界面如下

目前市面上大部人使用的应当都还是韩国忠南大学的这个授权码

做定位之前需要准备一下资料

1，目标群体相关性状的田间调查结果，群体大小建议大于200.

2，目标区段的Indel标记的电泳结果

下面开始分析

1，首先建立工程

2，然后建立数据集

3，数据集的设置比较重要

Pop.name:这个可以随意设置，自己能记住就行

Pop.type:群体的类型，是F2,还是BC1等等，按照具体情况设置，我的是F2临时群体

Nr.of.loci: 这里是标记的数量，加上目标性状。如果跑了22个Indel标记，加上目标性状，那么这里就是23

Nr.of indiv.: 看名字就知道了，这里是指群体的大小，一个不能多一个不能少。我这里就是286个单株的F2群体。

Locus：分子标记的名称

Classification：空着就行，不用管他。

4，分子标记的录入

差异标记的读取：把条带与携带目标形状的亲本一致的设置为A，另一个亲本为B，杂合的为H。

目标基因的读取：与带目标形状亲本一致的为A，其余的全部为C。

这里的条带只关注与亲本相同位置的，其它位置的不用考虑。

示例如下：

有个小诀窍：

建议在excel上面录入好了之后，一次性COPY到joinmap就行了。joinmap本身的这个录入太扯了，不是很好用。

5，开始分析，首先设置运算法则

点击这个“calculation option”

定位算法（Mapping algorithm）建议选择回归算法（Regression mapping），ML mapping为最大似然算法，我测试了一下，感觉不是很行。

定位函数（Mapping function），我选择的是Kosamb’s。据悉：kosambi考虑了双交换，Haldane不考虑双交换

然后点击“ok”就行了

6，建立群体节点（population node）

在dataset中选择“create population Node”极可。

在右边框，选择Grouping(tree)，然后点击上面的运算logo（类似计算器小图标）。

选择节点，使之背景变红。怎样使之变红，这里卖个小关子了。

然后选择菜单“population”，在下面选择“create groups using the grouping tree”，就会创建我们需要的分组了

先选择group 1，然后点击上面的“Calculate map”就会构建我们的连锁图了。

大功告成额

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