最近投篇文章文章到JAFC，要求把转录组数据传到公共数据库，大部分人的选择应当都是传到NCBI了。
记录下我传转录组数据到NCBI的经历，备以后待查。
NCBI数据库地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
毫无疑问，先自己注册一个账号，我直接使用ORD...
百蔬君
9个月前 (04-01) 4512℃ 0评论
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做方差分析，聚类分析是做科学研究的必备技能。之前做方差分析，都是用的南京农大编写的“方差分析2013”，界面可视化，简单好用。最近需要做聚类分析，想要做一个树形图，一下子还不知道从哪里下手，慌的一批，我可是5年前还专门写过SAS的学术分析文章的，造成这个局面的主要原因就是当时没有...
百蔬君
3年前 (2022-01-13) 5352℃ 0评论
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记录一下使用joinmap定位目标性状位置的操作。
对目标性状进行定位使用的软件是Joinmap 4.0，网上面有很多特别版，都是可以使用的。软件界面如下
目前市面上大部人使用的应当都还是韩国忠南大学的这个授权码
做定位之前需要准备一下资料
1，目标群体相关性状的田间调查结果，...
百蔬君
3年前 (2021-11-11) 23893℃ 34评论
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csj009的我的研究目标，其果色与csj010及参考组zunla均不同。需要筛选亲本间不同的位点，来设计引物，打开我的目标染色体，发现这个染色体有230多mb，位点大概有1907252个，光突变位点文件就有355mb，那是相当的大，按照导师的要求，每5mb找3个亲本间不同的in...
百蔬君
4年前 (2020-12-01) 3046℃ 0评论
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ANNOVAR是华人王凯写的用于snp等变异位点注释的软件，说实话，这个东东还真难下载，摸索了好几天，总算中了彩票。
ANNOVAR的下载
下载地址在：
http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/down...
百蔬君
5年前 (2020-06-11) 10649℃ 0评论
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这几天折腾snpeff的事情，感觉比annovar好用些。
我得环境是conda，安装snpeff命令
conda install snpeff
然后查找有没有需要的库，我安装的是snpeff4.5
安装指定版本方法
conda install snpeff=4.5
这是...
百蔬君
5年前 (2020-05-25) 7803℃ 0评论
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对于搞学术研究的同志来说，Google Scholar的使用是不可避免的，其功能的强大让人无法舍弃。但是由于众所周知的原因，我们访问google主站（https://scholar.google.com）是有一点困难的，可以说是无法访问。所以一致以来我都使用香港分站的google...
百蔬君
5年前 (2019-09-26) 58284℃ 13评论
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excel是个好工具，一般来说，我们求差求和比较多，求差值就是在一个空列的第一行，输入你想寻求差值的位置，然后相减就行了。
比如我想求d2和e2的差值，那么我另起一列，选择h2的位置，然后在上面的命令栏中输入“=d2-e2″,点击enter键就可以求得d2和e2的差...
百蔬君
5年前 (2019-09-19) 9606℃ 0评论
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随着年龄的增长，很多事情不记下来又很容易忘记，还是老话说的好，“好记性不如乱笔头”，于是又把我前几天遇到的一件事乖乖的记下来，以供以后参考。
BSA分析的相关结果数据是很大的，特别是筛选出来的那些候选基因位置和注释文件，没有过滤之前动不动就是几百M。
前几天我用excel打开一个...
百蔬君
5年前 (2019-09-18) 22482℃ 0评论
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BSA分析查找极端差异表现基因的方法，与参考基因组进行比对当前样本的差异变化，首先需要对测序回来的数据进行数据质控、与参考基因组进行比对、然后检测编译，最后绘图。
一，数据质控
我用的fastp，多线程，和html报告
fastp -q 15 -u 40 -M 0 -n 5 -l...
百蔬君
5年前 (2019-07-25) 593810℃ 10评论
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